As primeiras incursões no atual território de Morro do Chapéu datam do início do século XVI. Gabriel Soares de Sousa foi um dos primeiros a explorar a região em busca de minas de ouro.
A Lei provincial n.° 67, de 1º de junho de 1838 criou o distrito, e o Município, com território desmembrado do de Jacobina, foi formado em 7 de maio de 1864 pela de Lei provincial n.° 933, ocorrendo sua instalação a 6 de novembro do ano seguinte
A Lei estadual n.° 751, de 8 de agosto de 1909, elevou a sede do Município à categoria de cidade. Na atual formação administrativa, o município é compreendido pelos seguintes distritos:
Morro do Chapéu possui um clima tropical de altitude e é classificado na escala climática internacional de Köppen como Cwa. Com temperaturas suaves para a região com baixa latitude, por volta de 18 a 28 °C, no verão. E no inverno, já foi registrada temperatura mínima abaixo de 5°C, embora ocorram muito raramente. E por apresentar um verão úmido e mais fresco que as cidades do entorno, moderada principalmente pela altitude acima dos 1000m e pelas chuvas de verão que se apresentam torrencialmente ou advindas do oceano. Possuindo invernos relativamente frios e mais secos e verões úmidos com dias quentes e noites mais frescas.
A cidade apresenta duas estações bem definidas: A das chuvas vai de novembro a abril e a da seca vai do final de abril a outubro.
Segundo dados do Instituto Nacional de Meteorologia (INMET), referentes ao período de 1961 a 1970, 1977 a 1980 e a partir de 1986,[Nota 1] a menor temperatura registrada em Morro do Chapéu foi de 7,2 °C em agosto de 1963, nos dias 24 e 31,[8] e a maior atingiu 36,8 °C em 3 de dezembro de 2015.[9] O maior acumulado de precipitação em 24 horas foi de 124,8 milímetros (mm) em 27 de dezembro de 1977. Outros grandes acumulados iguais ou superiores a 100 mm foram 122,2 mm em 18 de novembro de 2014, 111 mm em 16 de março de 1969, 109,4 mm em 27 de março de 1997, 105,3 mm em 22 de dezembro de 1963, 104,5 mm em 9 de março de 1987 e 101,4 mm em 2 de abril de 2017.[10] Março de 1997, com 464,5 mm, foi o mês de maior precipitação.
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