Exploradores portugueses e jesuítas, que em 1559 atingiram as regiões de Cachoeira e São Félix, escalando a Serra que margeia o Paraguaçu, alcançaram o planalto e fundaram uma povoação, iniciando-se com a construção de dois templos e conventos, cujas ruínas ainda existem nas Fazendas São Pedro Velho e Fumal, nas proximidades da cidade de Muritiba. Tendo sido o Arraial de Cachoeira inaugurado por ordem de D. Antônio Barreiras, em 1575, o escritor Muritibano Anfilófio de Castro, em seu livro História e Estrelas de Muritiba, opina que esta povoação tenha sido contemporânea da Cidade Heroíca. Um dos estabelecimentos religiosos acima aludidos teria sido uma Casa de Misericórdia, o que se conclui pelo nome dado à estrada que vai de São Félix àquele local conhecido como Ladeira da Misericórdia. Quanto ao destino dessas instituições, correm duas versões a respeito: a primeira é a de que as construções não tenham chegado ao fim, e a segunda a de que foram concluídas, sendo arrasadas em 1624 pela sanha destruidora dos invasores holandeses. Em 1640, inaugurou-se o novo templo dedicado a São Pedro, no local em que hoje se encontra a atual Igreja Matriz de Muritiba.
No início da colonização, eram três as nossas capitanias: a da Bahia, a de Ilhéus e a de Porto Seguro, que se constituíam em verdadeiros latifúndios, onde funcionavam justiça própria e arrecadação de tributos feitos pelos donatários.
Devido as naturais dificuldades e temendo um fragoroso fracasso, D.João III reduziu os raios de ação a pequenos núcleos que mesmo assim foram se desenvolvendo com lentidão, e muitas outras praticamente desapareceram, em decorrência de ataques de íncolas, ou então, conforme sabemos, de invasores estrangeiros.
Foi a partir da criação da Província da Bahia, tendo Salvador como sede do Governo Geral do Brasil, e como primeiro mandatário, conforme sabemos, Thomé de Souza, que a vida municipal propriamente dita começou, havendo sido solenemente instalada a cidade de Salvador no dia 13 de Junho de 1749. Foi portanto Salvador, o primeiro município brasileiro.
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