A história de Mucuri foi registrada por colonos e aventureiros que atravessaram a região, a exemplo do historiador e precursor do movimento bandeirante na Bahia, Gabriel Soares. Os registros se referem à presença dos temidos índios Botocudos que resistiram bravamente à dominação do homem branco. Eram nômades, caçadores e extremamente ferozes. A prática do canibalismo entre eles vinha da crença de que comer a carne do inimigo que é forte e destemido, lhes traria também força e coragem.
As primeiras expedições à região aconteceram no século XVI; duas bandeiras lideradas, respectivamente, pelo português Martim Carvalho e pelo mestre-de-campo Antônio da Silva Guimarães registraram passagem pelo rio Mucuri em busca de ouro e pedras preciosas. A partir da aldeia de Mucuri, formada por índios e portugueses degredados, nasceu São José de Porto Alegre, um dos primeiros núcleos urbanos do extremo sul da Bahia.
Em 1931, o topônimo foi mudado para Mucuri, vocábulo tupi que significa rio dos gambás.
Os nativos de Mucuri são chamados mucurienses.
Freguesia criada com a denominação de São José de Porto Alegre, por alvará de 2212-1795, subordinado ao município Viçosa.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São José de Porto Alegre, por ordem régia de 10-10-1769, desmembrado de Viçosa. Instalado em 15-10-1779.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece com a denominação de Porto Alegre e é constituído do distrito sede.
Pela lei municipal nº 15, de 20-07-1921, aprovado pela lei estadual nº 1527, de 2808-1921, é criado o distrito de Riacho Doce e anexado ao município de Mucuri.
Por decreto estadual nº 7191, de 13-01-1931, o município de Porto Alegre passou a denominar-se Mucuri. Sob este mesmo decreto acima citado, o município de Mucuri adquiriu o território do município de Viçosa e o distrito de Colônia Leopoldina.
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